Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat (GPIB) sebagai institusi persekutuan umat kristiani yang berdomisili di 2/3 wilayah Republik Indonesia dan memiliki 289 jemaat dengan jumlah jiwa ± 1.305.000 orang merasa terpanggil untuk ikut serta mencerdaskan kehidupan bangsa yang bermartabat dan bermoral lewat jalur pendidikan.

Selain itu, dunia pendidikan adalah ladang Pekabaran Injil. Hal ini sejalan dengan ketetapan Persidangan Sinode Tahunan 2003 di Batu Malang, yang menyatakan bahwa Pendidikan Kristen adalah bagian integral dari Pelayanan dan Kesaksian. Dimana Sejarah telah membuktikan bahwa Pendidikan Kristen lahir bersamaan dengan masuknya Injil di Indonesia seperti dikenal dalam Trisula Penginjilan : Preaching, Teaching dan Healing.

Kebutuhan akan adanya wadah atau lembaga yang bersifat dan bertujuan sosial, keagamaan, dan kemanusiaan, yang bergerak dalam bidang pendidikan bagi warga jemaat GPIB khususnya dan warga Indonesia umumnya mendorong dibentuknya Yayasan Pendidikan Kristen (YAPENDIK) GPIB. Yapendik GPIB dibentuk pada tanggal 1 Juli 1981 di GPIB Penabur Jakarta dengan akte notaris No. 19 Tahun 1981 oleh Notaris N.R. Makahanap, SH. Sebagai upaya untuk menumbuhkan kepedulian terhadap bidang pendidikan bagi warga jemaat GPIB maka setiap tanggal 1 Juli (Hut Yapendik) ditetapkan sebagai hari pendidikan GPIB.

Yapendik GPIB adalah bagian yang tidak terpisahkan dalam panggilan dan pengutusan untuk memberitakan Injil Yesus Kristus dan mengembangkan kualitas sumber daya insani melalui lembaga pendidikan, dalam rangka ikut serta mencerdaskan kehidupan bangsa. Yapendik GPIB terus menerus mengembangkan diri untuk memiliki standar sekolah berkualitas dan terjangkau bagi seluruh lapisan masyarakat. Perbaikan kurikulum, manajemen pendidikan dan pengelolaan yayasan diharapkan membawa perubahan yang signifikan untuk kemajuan dan peningkatan kualitas sekolah.

Secara berturut-turut Yapendik GPIB di pimpim oleh :

  • 1981-1986 : Ny. Pdt. Dra. Catherina Leentje Manuputty Manusama
  • 1986-1990 : Drs. P. Rehatalamit
  • 1991-1995 : Dr. V.J.L Kriekhoff SH,MA
  • 1995-2000 : Dr. V.J.L Kriekhoff SH,MA
  • 2000-2005 : Drs. Max Mandey
  • 2005-2010 : Ir. Gerhard M. Rumeser, MHRM
  • 2010-2015 : Ir. Gerhard M. Rumeser, MHRM